Na intolerância alimentar ocorrem reacções adversas ocasionadas pelos alimentos, mas que não envolvem o sistema imunitário. Embora não sejam conhecidos todos os mecanismos envolvidos na intolerância alimentar, a intolerância mais comum é ao leite e é provocada pela falta da enzima lactase responsável pela digestão do açúcar presente no leite (lactose). Apesar de apresentarem causas distintas, os sintomas presentes na intolerância alimentar são semelhantes ao da alergia alimentar e, por isso, muitas vezes se confunde intolerância com alergia.

Entre as substâncias relacionadas com intolerância estão os conservantes, os intensificadores de sabor, os corantes, os antioxidantes e a ausência de enzimas.

As principais reacções da intolerância alimentar incluem:

- Libertação não alérgica de histamina - Os mariscos e os morangos causam esta reacção em alguns indivíduos, que geralmente desenvolvem erupções cutâneas.

- Defeitos nas enzimas - Indivíduos com uma deficiência de lactase, por exemplo, não podem digerir o açúcar do leite, lactose. Devem, portanto, excluir este alimento, bem como todos os que contenham lactase, da sua dieta alimentar.

- Reacções farmacológicas - Estas ocorrem em resposta a componentes alimentares, como as aminas. As aminas são encontradas em alimentos que contêm nitrogénio, por exemplo, aminoácidos em alimentos como chá, café, bebidas de cola e chocolate. Os efeitos podem ser desencadeados por pequenas quantidades do alimento e incluem enxaqueca, tremores, sudorese e palpitações.

- Efeitos irritantes - Alimentos como o caril podem irritar o intestino. O glutamato monossódico (sal sódico do ácido glutâmico, um aminoácido presente em todas as proteínas animais e vegetais) pode causar uma doença conhecida como a síndrome do restaurante chinês, que resulta em dor no peito, palpitações e fraqueza.